Mykorhizních hub je v některých půdách relativně málo a mohou být ve větší vzdálenosti od nově tvořených kořenů rostlin. Tím se může zpomalit vytvoření mykorhizní symbiózy a také pozitivní účinek na růst rostlin. Čím dříve se ustanoví mykorhiza, tím lépe pro rostlinu. Navíc, v některých půdách mohou být populace mykorhizních hub významně negativně ovlivněny předchozími agrotechnologickými postupy (hluboká orba, použití hnojiv, pesticidů atd.), proto je aplikace mykorhizních hub naopak nutná pro oživení půdy.